Unión de Santa Fe

Juan Ignacio Nardoni iniciou sua trajetória no futebol em clubes de sua cidade natal. Após ser aprovado em testes, ingressou nas categorias de base do Unión de Santa Fe.^[1]

Em 2019, passou a treinar com o elenco profissional e, em 31 de agosto, fez sua estreia oficial na derrota do Unión por 2 a 1 contra o San Lorenzo. Naquela ocasião, entrou aos 27 minutos do segundo tempo em substituição a Gastón Comas.^[2] Pouco tempo depois, assinou seu primeiro contrato profissional.^[3]

Racing

Em janeiro de 2023, foi transferido para o Racing por 6 milhões de dólares.^[4]

Grêmio

Em 6 de fevereiro de 2026, o Grêmio anunciou a contratação do argentino junto ao Racing por 8 milhões de dólares, com um adicional de 2 milhões de dólares em variáveis por metas alcançadas. O montante total da operação, aproximadamente 52 milhões de reais na cotação da época, tornou-a a contratação mais cara da história do clube, superando os 39,6 milhões de reais investidos na repatriação do atacante Tetê.^[5] Nardoni estreou pelo Grêmio em 26 de fevereiro de 2026, na vitória por 2 a 1 contra o Atlético Mineiro. O volante iniciou a partida como titular, sendo substituído aos 41 minutos do segundo tempo para a entrada de Jeferson Forneck.^[6]