Ministério do Trabalho e Secretaria de Relações Institucionais

Em 2003, foi convidado por Lula para a função de Ministro do Trabalho^[8] e posteriormente, em 2005, tornou-se ministro das Relações Institucionais, assumindo a coordenação política do governo e suas relações com o Congresso Nacional. Ainda comandou a Secretaria Especial do Conselho de Desenvolvimento Econômico e Social da Presidência da República.^[9] Como ministro, foi condecorado em novembro de 2005 pelo presidente Lula com a Grã-Cruz da Ordem do Mérito da Defesa.^[1]

Governador da Bahia

Jaques Wagner foi eleito governador do estado, em outubro de 2006, apoiado por uma coligação formada pelo PT, PV, PPS, PCdoB, PTB, PMN e PMDB. A coligação não teve candidato a senador, mas apoiou informalmente o ex-governador João Durval Carneiro, eleito pelo PDT. Apesar de as pesquisas indicarem uma vitória no primeiro turno e com ampla vantagem do seu adversário e predecessor no cargo, Paulo Souto, Jaques venceu com 52,89% dos votos válidos, num total de 3 242 336 votos impondo a mais contundente derrota à hegemonia do carlismo nas eleições da Bahia em décadas. Muitos acreditam que a vitória de Wagner se deveu ao alinhamento com o presidente Lula. A vitória de Jaques Wagner foi apontada pela imprensa nacional como o fim do carlismo, ou seja, da forte influência do ex-governador Antônio Carlos Magalhães (ACM) na estrutura de governo do estado da Bahia.^[10] O próprio Jaques Wagner tratou de explicar, numa entrevista concedida à revista Caros Amigos, que sua vitória não foi surpresa para ele, uma vez que o grupo liderado pelo senador Antônio Carlos Magalhães arregimentava sempre cerca de 30 por cento dos votos em todas as eleições. Em dezembro de 2006, seguindo o modelo do governo Lula, Wagner anunciou que pretende ter sob sua responsabilidade direta a administração dos recursos financeiros estaduais destinados a ações sociais.

Em 2010, Jaques foi reeleito governador da Bahia, em primeiro turno, com 63,83% dos votos válidos.^[11]

Uma das obras mais elogiadas da gestão Wagner é o Hospital do Subúrbio. Inaugurado em 2010, no subúrbio da cidade de Salvador, foi o primeiro hospital do país a ser construído em parceria público-privada (PPP).^[12] Com um atendimento considerado de excelência, o centro de saúde realiza inúmeros procedimentos, tem equipamentos de ponta e é administrado pela iniciativa privada em um regime de concessão. Apesar do atendimento de excelência, principalmente em uma região pobre e periférica, o que não é usual na Bahia, o hospital ainda é uma obra criticada pelo fato de ter sido concedido. Opositores da política do governo acreditam que foi uma forma de privatização do setor da saúde. A instituição fica em um local não muito acessível e de difícil acesso, mas devido ao bom atendimento, tem sempre grande demanda.

Ministério da Defesa e Casa Civil

Em 23 de dezembro de 2014, foi indicado para assumir o Ministério da Defesa em substituição ao ministro Celso Amorim, no segundo mandato do Governo Dilma Rousseff.^[20] Ficou até 2 de outubro de 2015 quando foi indicado para Casa Civil, como parte da reforma ministerial promovida pela presidente.^[21]

Ministro Chefe de Gabinete

Em março de 2016, abriu mão do cargo de Ministro da Casa Civil em favor do ex-presidente Lula, sendo nomeado pela então Presidente Dilma para o recém criado cargo de Ministro Chefe do Gabinete Pessoal da Presidência da República. Permaneceu no cargo até o afastamento de Dilma da Presidência, em 12 de maio do mesmo ano.

Senador pela Bahia

Jaques Wagner em junho de 2018 defendeu o apoio à candidatura de Ciro Gomes para presidente, mas apoiou o candidato do partido, Fernando Haddad^[22][23] e foi lançado candidato a Senador pelo estado da Bahia, pelo Partido dos Trabalhadores na Bahia, tendo sido foi eleito com 4.253.231 de votos e 35,71% dos votos válidos.

No decorrer de 2021, seu nome passou a ser destacado como candidato ao governo da Bahia nas eleições de 2022,^[24] mas retirou sua pré-candidatura em fevereiro de 2022.^[25]