Família

Fernando era o terceiro filho (segundo varão) do duque Francisco IV de Módena e da princesa Maria Beatriz Vitória de Saboia. Seus avós paternos foram o arquiduque Fernando Carlos de Áustria-Este, governante do Ducado de Milão e fundador da Casa de Áustria-Este; e Maria Beatriz d'Este, duquesa de Massa, princesa de Carrara e senhora de Lunigiana. Seus avós maternos foram o rei Vítor Emanuel I da Sardenha e Maria Teresa de Áustria-Este, irmã de seu pai.

Casamento e filha

Casou-se no Palácio de Schönbrunn, em Viena, em 4 de dezembro de 1846, com a arquiduquesa Isabel Francisca de Áustria-Toscana, filha do arquiduque José Antonio da Áustria e de sua terceira esposa, a duquesa Maria Doroteia de Württemberg. O casal teve uma única filha:

• Maria Teresa (1849-1919), rainha da Baviera pelo seu casamento com o rei Luís III, com descendência.

Morte

Fernando Carlos morreu de tifo ^{[desambiguação necessária]}, em 15 de dezembro de 1849, em Brno, aos 28 anos de idade, apenas cinco meses após o nascimento de sua filha. Seu corpo foi sepultado na Igreja de San Vincenzo, em Módena.