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Citofaringe é um canal que existe em certos protozoários como o Paramecium, que estabelece a comunicação entre o citóstoma e o interior do protista.

Esse canal serve para conduzir partículas alimentares por endocitose, com ajuda de movimentos ciliares. Em outros filos, como dos Sarcodina ou Rhizopoda (as amebas), a citofaringe é ausente.